A Fundação Fernando Eduardo Lee é uma entidade com sede à Av. Atlântica, nº 900, inscrita no CNPJ nº. 52.039.435/0001-43. Criada em 19 de agosto de 1984, exatamente quando o pesquisador completava 80 anos, a entidade buscava satisfazer o desejo de seu fundador, o engenheiro Fernando Eduardo Lee, de que os trabalhos desenvolvidos na Ilha dos Arvoredos tivessem continuidade, motivando o nascimento da Fundação.

De natureza científica e cultural, sem fins lucrativos nem vinculações políticas ou religiosas, a Fundação objetiva manter, administrar e preservar a Ilha dos Arvoredos, bem como promover e divulgar as pesquisas científicas de energia solar e eólica, estudos oceanográficos, biologia marinha, ecologia e outras pesquisas científicas e tecnológicas.